GEO Series: GSE126058
Summary
RNA-seq was employed to analyze differential gene expression upon ERFE knockdown in Xenopus laevis embryos at three different developmental stages using two non-overlapping translation blocking morpholino oligonucleotides. Only a small number of genes was affected by both morpholinos and at more than one of the developmentel stages analyzed, among them gja4, the gene coding for Gap junction junction protein Alpha 4.
Contributors: Gabriela Salinas, Tomas Pieler, Juliane Melchert, Thomas Lingner
Experiment Type: Xenopus eight-cell stage embryos were injected with 10 ng ERFE-MO1 or 20 ng ERFE-MO2 into the four vegetal blastomeres and cultivated until stage 35/36, stage 37/38 or stage 41. Uninjected embryos as well as embryos injected with equal amounts of standard control morpholino (cMO) served as controls.
Experiment Reagents: erfe MO1, erfe MO2.
Phenotypes:
Xla Wt + erfe MO + WE NF35/36 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + erfe MO + WE NF35/36 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + erfe MO + WE NF37/38 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + erfe MO + WE NF37/38 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + erfe MO + WE NF41 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + erfe MO + WE NF41 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + hbg1 cMO + WE NF35/36 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + hbg1 cMO + WE NF35/36 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + hbg1 cMO + WE NF37/38 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + hbg1 cMO + WE NF37/38 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + hbg1 cMO + WE NF41 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + hbg1 cMO + WE NF41 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + erfe MO + WE NF37/38 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + erfe MO + WE NF37/38 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + erfe MO + WE NF41 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + erfe MO + WE NF41 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + hbg1 cMO + WE NF35/36 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + hbg1 cMO + WE NF35/36 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + hbg1 cMO + WE NF37/38 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + hbg1 cMO + WE NF37/38 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + hbg1 cMO + WE NF41 (RNA-Seq (RNA))
Xla Wt + hbg1 cMO + WE NF41 (RNA-Seq (RNA))
Article: XB-ART-56559, PubMed
Source: NCBI GEO, Xenbase Download
Samples: (DEG = Differentially Expressed Genes; GSM = GEO Sample Number)
Sample | View | GSMs | Assay Type | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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